En cambio, durante la guerra civil que enfrentó a Marco Antonio y Octaviano la ciudad no se libró de la destrucción tan fácilmente.

En el año 663 fue conquistada por los lombardos, y luego arrasada por el emperador bizantino Constante II.

Su número final osciló entre 15.000 y 20.000 personas, motivando que a la población se la llamara Lucera Saracenorum (Lucera de los sarracenos), debido a que representaba el último baluarte de la presencia islámica en Italia.

La colonia musulmana pervivió durante 75 años, hasta que fue saqueada en el año 1300 por las fuerzas cristianas dirigidas por Carlos II.

[4]​ Las abandonadas mezquitas de la ciudad fueron destruidas o reformadas, y se erigieron nuevas iglesias sobre las ruinas, incluida la catedral Santa Maria della Vittoria.