Debutó frente al Real Oviedo el 22 de noviembre del año 2000.
Desde su llegada al club gallego fue una pieza fundamental para sus entrenadores, siendo titular indiscutible tanto en liga como en la Copa del Rey.
En 2004 fichó por el Real Betis donde jugó 39 partidos, marcó 12 goles y dio 10 asistencias, en su primera temporada en el club verdiblanco.
Esa temporada fue una de las mejores del club sevillano, conquistó su segunda Copa del Rey frente a Osasuna por 2-1 en la final, y se clasificó por primera vez en su historia para la Liga de Campeones.
Edu se convirtió en uno de los principales referentes del equipo sevillano, a partir de sus goles y actuaciones, como los importantes goles que anotó en la temporada 2007/08 al Real Madrid y al FC Barcelona.