Son cerca de siete mil sacerdotes que emigran a España.
Decide emprender otro camino junto a Monseñor Paillou y otros dieciséis sacerdotes, entre ellos su hermano Pierre, quién al llegar a Madrid se enferma por lo que deciden separarse del grupo.
Pasa dos años de vida clandestina, intentando reunir a las comunidades cristianas, nadie les traiciona.
El 13 de enero de 1800, fiel a su llamado a anunciar el evangelio entre los más pobres, decide fundar una congregación de sacerdotes religiosos, para evangelizar zonas rurales y ciudades y reconstruir los destrozos que dejó la revolución... y mujeres consagradas para colaborar con ellos; Así, en su refugio hace su consagración religiosa junto a su amigo el padre Lebedesque.
Este mismo año Napoleón Bonaparte restablece la libertad de culto en Francia.
El Padre Baudouin estaba, para esta época muy preocupado por la falta de sacerdotes y decidió comenzar la restauración del seminario de Chavagnes, reunió a unos pocos jóvenes interesados y comenzó la formación.
Tiempo después el obispo de Luçon lo nombró vicario general y superior del seminario, cargo que tuvo hasta 1825, cuando renunció por enfermedad.
Los Religiosos del Verbo Encarnado recordaban sus últimas palabras: "María es vuestra madre", y las Ursulinas de Jesús: "La caridad es un amor sin medidas... ámense unas a otras".