El grupo fue nombrado en 2003 por Harshman et al., y Longirostres es un grupo corona definido filogenéticamente como el último ancestro común de Crocodylus niloticus y Gavialis gangeticus y todos sus descendientes.
[1] Tradicionalmente, se ha considerado que los cocodrilos y aligatoroideos están más cercanamente relacionados entre sí y eran agrupados en el clado Brevirostres, dejando de lado a los gaviales.
Esta clasificación se basaba en estudios morfológicos enfocados principalmente en analizar rasgos del esqueleto de las especies vivas y extintas.
[2] Sin embargo, los estudios moleculares recientes que usan secuenciación de ADN han rechazado la agrupación de los Brevirostres y en cambio encontraron que los crocodílidos y gaviálidos están más emparentados entre sí que con los aligatoroideos.
[1][3][4][5][6] A continuación se muestra un cladograma con las relaciones de los grupos principales de crocodilianos basándose en los estudios moleculares:[5][6]