Un cráneo parcial fue encontrado por el paleontólogo británico Charles William Andrews en la depresión de Fayum.
Un cráneo completo también fue descubierto en Egipto en 1907 pero no fue reconocido como de "C." megarhinus hasta 1927.
"[1] Un segundo cocodrilo de Fayum, "Crocodylus" articeps, fue nombrado junto a "C." megarhinus.
"C." articeps ha sido recientemente sinonimizado con "C." megarhinus, y puede representar una forma menos madura en las poblaciones de esta especie.
"C." megarhinus es usualmente encontrado como un crocodilino basal por fuera del género pero aun así más relacionados con éste que el falso gavial o los mekosuquinos.