El antiguo nombre de Llanfaes era Llan Ffagan Fach en honor a Ffagan, el fundador de la iglesia.

[1]​ Una vez fue la llys (del inglés: corte real) del rey Cynan Dindaethwy ap Rhodri de Gwynedd (reinó entre 798 – y 816), el sitio de comota de Tindaethwy en el cantref de Rhosyr.

[2]​ El sitio obtuvo su nombre actual por la batalla en 818, la Gwaith Llanfaes (del inglés: batalla de Llanfaes), luchada entre combatientes indefinidos.

[note 1]​ Aquí se fundó un monasterio franciscano, por Llywelyn ap Iorwerth, sobre la tumba de su mujer Joan, hija de Juan I de Inglaterra, que murió en 1237.

Seguido por una recuperación, cualquier resto fue finalmente reducido por la Disolución en 1537, con la iglesia luego convertida en granero, y el féretro de piedra de Juan usado como abrevedero.