Además, se invitarán otras 2 categorías sub-18,[2]​ completando así un total de 36 equipos.

El campeonato contará con dos torneos cortos (Apertura y Clausura), los cuales seguirán el mismo formato.

Ambos equipos se enfrentarán en una llave de ida y vuelta, y el ganador será proclamado campeón de la Liga, obteniendo además la clasificación a la Copa Libertadores Sub-20 2026.

Se otorgarán dos cupos para la Liga 3 2026 a los equipos con mejor desempeño en el torneo en general, a excepción de los equipos que ya participan en la Liga 3, como Universitario, U. César Vallejo, FBC Melgar, Alianza Lima, Cienciano, Sport Boys, Sport Huancayo y ADT.

Los 36 equipos participantes se presentarán con su respectiva categoría sub-18, en cada uno de los casos.