Participó en la Copa Perú siendo campeón departamental el 2023 y llegando a semifinales de la etapa nacional clasificando para la Liga 2 2024.
El equipo llegó hasta la ronda 4, cayendo eliminado en esa etapa ante el Club Deportivo Boca Juniors de Chiclayo.
Para la última fecha de la fase regular del torneo, el entrenador Edwin Zelada decidió no continuar al mando.
Sin embargo, se le otorgó la victoria a Juan Pablo II College por 3-0 tras presentar un reclamo por la alineación indebida de un futbolista en el equipo rival.
Durante la ida Juan Pablo II College se impuso con un ajustado 2-1, mientras que en la vuelta no hubo diferencias, quedando 0-0.
Jugado en el Estadio Iván Elías Moreno de Villa El Salvador, Juan Pablo II College comenzó con pie derecho el partido, Eduardo Burga marcó el primer gol al minuto dos.
El juego fue parejo y aunque parecía consumado, Diablos Rojos marcaba el 2-1 al minuto 90 del partido, sin embargo no le alcanzó para la paridad.
Así terminando con la participación de Juan Pablo II College en la Copa Perú 2023, cumpliendo el objetivo del ascenso.