Si bien sus orígenes se remontan al periodo del Reino de Chile, fue oficialmente fundado en 1885.
Más tarde este convento se conocería como "del Colegio Agustino" así como también lo haría una de las calles que lo delimitaba, actualmente llamada Almirante Barroso.
En 1885, los frailes deciden oficialmente abrir el Colegio para la población general, enseñar ahí "todas las humanidades," y que fuese gratuito, fundándose oficialmente el Colegio.
Este convento destacaba por su ubicación en el centro de la capital, por su extensión que abarcaba toda la manzana, y edificación.
Durante este periodo el Colegio destaca por su importante infraestructura y equipamiento para la época, además de sus gabinetes de física, química, historia natural, y una amplia biblioteca.