Se licenció en Teología en la Pontificia Universidad Lateranense.

Fue consagrado por el Cardenal Miguel Obando y Bravo, Arzobispo de Managua; con Mons.

Paolo Giglio, Nuncio Apostólico en Nicaragua, y Arturo Rivera y Damas, Arzobispo de San Salvador.

Montado a mula visitaba comunidades remotas y montañosas.

Como tal, Brenes presidió sucesivamente las comisiones para las vocaciones y los ministerios de la Conferencia episcopal de Nicaragua, tras lo cual fue elegido secretario general, luego vicepresidente, y más tarde presidente de esa institución.