El nombre se debe a que estas lenguas se extienden entre la cuenca oriental del río Benue (en el norte) y la cuenca del río Congo (en el norte).
Inicialmente el grupo fue propuesto por Greenberg en 1963 que consideró que las lenguas llamadas previamente "semi-bantúes" y las lenguas bantúes formaban parte de la misma familia lingüística y por tanto el bantú a pesar de su importancia demográfica e histórica no era más que una rama de las lenguas lenguas Volta-Congo.
Existen ciertas discrepacncias entre diferentes autores sobre el alcance del grupo Benue-Congo.
Otros autores usan el término Benue-Kwa para referirse al conjunto de lenguas Benue-Congo occidentales y Benue-Congo orientales.
Según Williamson & Blench 2000, las lenguas Benue-Congo se dividen en un grupo occidental (llamado por otros autores Volta-Níger) y un grupo oriental (Benue-Congo propiamente dicho): La rama oriental, sin el bantú y el bantoide ("semi-bantú"), fue anticipada ya por Westermann (1927) que asignó a las pocas lenguas para las que poseía datos a una familia que denominó Benue-Cross e incluía esencialmente la meseta de Nigeria Central y las lenguas del río Cross.