Nacido en Leribe, en la entonces colonia de Basutolandia, Jonathan era un Jefe menor, bisnieto del polígamo Rey Moshoeshoe I.

Trabajó en una mina en Brakpan durante su juventud pero volvió a Basutolandia en 1937 para formar parte del gobierno local.

[4]​ Durante su dictadura, Jonathan gobernó por decreto, estableció una organización paramilitar juvenil, y reprimió duramente a los partidos opositores.

[1]​ El Rey Moshoeshoe II mostró rechazo público a las acciones golpistas de Jonathan, por lo que inmediatamente después del Autogolpe debió exiliarse a los Países Bajos (aunque nominalmente continuó siendo jefe de Estado).

Desde entonces, el Primer Ministro comenzó a distanciarse del gobierno sudafricano, y a tener acercamientos con el Congreso Nacional Africano, lo que le valió un bloqueo económico casi absoluto por parte del país vecino.

[5]​ Finalmente, ese mismo año, Jonathan permitió el regreso del Rey al país.