Durante 2015, el Gobierno Vasco declarará el complejo lagunar como Zona Especial de Conservación (ZEC).
Por todo ello, aun perteneciendo al complejo lagunar de Laguardia, no fue incluida inicialmente dentro del ámbito del biotopo protegido, aunque sí en su zona periférica de protección.
Posteriormente, la diputación adquirió los terrenos afectos a la laguna de Musco, lo que permitió iniciar la recuperación de este espacio, haciendo posible su inclusión en el ámbito del biotopo protegido.
En 2023 cambia su denominación para pasar de Biotopo Protegido a Reserva Natural.
La actividad del cultivo implica que por arrastre superficial a las cubetas de las lagunas lleguen sedimentos, fertilizantes y fitosanitarios.