Las lagunas de Amuyo son tres lagunas ubicadas al extremo sur de la Región de Arica y Parinacota y pertenecen a la cuenca hidrográfica del río Camarones.
[1]: 324 Las lagunas de Amuyo desaguan a través del río Caritaya.
Sus aguas provienen de afloramientos hidrotermales con altas concentraciones de minerales (carbonatos, sulfatos, sílice, rejalgar y oropimente) que se depositan en forma de costras superpuestas sobre las rocas volcánicas y sobre los depósitos fluviales del río Caritaya que es el emisario de las lagunas,[2]: 32 y en el que desembocan o se derraman unos 350 m después de la confluencia del arroyo Veco en el Caritaya[2]: 69 a unos 3711 m s. n. m.[2]: 113 Los elementos químicos presentes en sus aguas dan a cada una de las lagunas un color intenso que con que se les nombra:[2]: 32 Su aporte al río Caritaya incide en la baja calidad de las aguas del río para su uso en la agricultura, aunque no son las únicas fuentes contaminantes que recibe el río.
[2]: 42 Para el arsénico, la norma chilena 409.2005 establece un máximo de 0,01 mg/l en agua destinada la consumo humano.
[2]: 49 Las aguas de las lagunas se derraman en el río Caritaya.