La laguna de El Tobar es una laguna meromíctica española, situada entre El Tobar, en el término municipal de Beteta, y Masegosa, en la provincia de Cuenca, en la comarca del Alto Tajo.

Esta cubeta profunda tiene unas características meromícticas debido a que sus aguas profundas son de extremada salinidad, tres veces más saladas que el agua del mar.

Las aguas del mixolimnion de la laguna son bicarbonatadas cálcico-magnésicas, con una conductividad de 0,6 mS/cm; mientras que las del monimolimnion son clorurado-sódicas, con una conductividad próxima a los 200 mS/cm.

La laguna está alimentada naturalmente por un manantial que aflora en su lado este, con un caudal medio anual de unos 240 l/s.

Las orillas de la laguna tienen una banda de vegetación de macrófitos en las zonas más someras, especialmente en las orillas este y oeste, cubiertas por Chara, Myriophyllum, Potamogeton y Nymphaea.