Este transvase a la laguna se realiza de forma programada e intermitente y no continuamente.
Hace pocas décadas, la ictiofauna predominante en la Laguna de Uña era la trucha común (Salmo trutta fario), incluyendo ejemplares asalmonados, y la loina (Parachondrostoma arrigonis), especie originalmente endémica de los ríos Júcar y Cabriel.
Tras la introducción de especies alóctonas, como la perca sol (Lepomis gibbosus) y el gobio (Gobio gobio), son éstas las que constituyen la principal ictiofauna junto con la carpa común (Cyprinus carpio).
Entre las aves que se pueden observar en la laguna a lo largo del año, hay patos, ánades, cigüeñas, cigüeñuelas y pollas de agua, aunque hay que resaltar que en la zona abundan especialmente las rapaces de gran tamaño, especialmente los buitres negros y leonados.
En cuanto a los grandes mamíferos, en los alrededores de la laguna de Uña se pueden encontrar, principalmente, ciervos, gamos, jabalíes y muflones.