[3] El curso original de la quebrada de Mucubají, que vertía sus aguas en el río Chama, fue sellada por una morrena frontal que formó la laguna y atravesada por la falla de Boconó,[4] lo que desvió el flujo hacia el río Orinoco y finalmente el océano Atlántico.[5] El ecosistema del entorno es el propio de un páramo, con vegetación formada en gran medida por frailejones.[6] La laguna alberga una amplia población de truchas, que fueron traídas al parque en 1937 desde Europa y América del Norte.[7] Entre los invertebrados el grupo mejor estudiado son las mariposas, de las cuales se han registrado al menos nueve especies adaptadas a las condiciones del páramo.[8] Entre ellas destaca una especie de mariposa paramera endémica denominada Redonda chiquinquirana.