Este último se sitúa en el mismo bosque seco, junto con una laguna y dos lagunetas.

El Complejo Güija presenta 10 importantes superficies terrestres (1847,41 hectáreas) declaradas como parte del área natural protegida de «San Diego y San Felipe Las Barras», incluidas en la región de los Bosques Tropicales Secos Centroamericanos, siendo ésta una ecoregión considerada crítica y amenazada, según el Fondo Mundial para la Naturaleza.

Se encuentran especies como la macrophylla, la leucaena y el pimientillo (phyllanthus elsiae), así como grandes extensiones de especies vegetales flotantes, entre las que pueden citarse eichhornia, oistia stratiotes, lemna sp y thalia geniculata.

La Laguna Verde se encuentra al este de la Carretera Panamericana, a la altura del kilómetro 108.

En el 75 % de sus márgenes posee un bosque subcaducifolio, que le da una apariencia natural e intacta a la laguna; sin embargo, al lado sureste toda la vegetación fue removida y se encuentran campos de cultivos y zonas abiertas.