A mediados del siglo XVIII, los primeros habitantes de Nauta que fueron las tribus yameo[2]​ y kukama descubrieron la laguna y le usaron como fuente de alimento debido a su gran riqueza, cerca de ese lugar estableció su hogar el cacique fundador del pueblo don Manuel Pacaya Irarica.

En los años 90, debido a la expansión urbana, el exalcalde Miguel Eduardo Vásquez Dorado mandó a construir como un escenario para eventos; poseía 6 grupos de gradas esparcidos alrededor de la laguna y una plataforma casi en el centro, desde ahí en adelante sirvió como atracción turística debido a su gran vida marina donde se construyeron playas artificiales para la crianza diferente de especies de tortugas y también paiches,[3]​ arahuanas, lagartos.

En el año 2019, la municipalidad de Nauta al mando del alcalde Lic.

Giampaolo Ossio Rojas Florindez en cooperación con el Gobierno Regional de Loreto anunciaron la obra mejoramiento de la laguna sapi sapi, debido al escándalo de corrupción[5]​ por parte del gobernador Elisbán Ocho Sosa y la empresa constructora la obra se vio paralizada;[6]​ en ese lapso salieron denuncias sobre el impacto ambiental.

[13]​ Se ubica a solo tres cuadras de la plaza principal de Nauta, se puede llegar allí en mototaxi o caminando.