[1]​ Está formada por una laguna con arena blanca en su fondo y por humedales conexos, se caracteriza por superficie llana de bosques y con malezas de drenaje escaso, está situada junto a la serranía Chiquitana.

Por el sur recibe principalmente los aportes hídricos procedentes de los distantes Andes que llegan por el río Parapetí y su continuación, el río Quimone; por el noreste avena y desagua en el gran río San Miguel (curso alto del Itonomas), afluente de la cuenca amazónica.

La laguna Concepción es afectada por la presión de la frontera agrícola en el sector oeste y norte.

Al 2019, las hectáreas intervenidas por las actividades humanas han alcanzado las 34 094 ha del área protegida.

Esta actividad humana es causada debido a que hay colonias menonitas que operan dentro del área protegida y tienen terrenos a cerca de cinco kilómetros del espejo de agua.