La fuente de la vida profundiza en temas como el amor y la muerte mediante un rico lenguaje visual donde abundan las escenas poéticas que se combinan durante todo el filme con la banda sonora compuesta por Clint Mansell.
Su trabajo está motivado por su esposa, enferma de cáncer, llamada Izzi (Rachel Weisz).
Cuando él y su equipo fracasan con las pruebas en un mono llamado Donovan, Tommy se inspira para romper el protocolo médico y prueba usar un compuesto derivado de un extraño árbol de Guatemala.
En un primer momento, el fármaco no detiene el crecimiento del tumor, pero sorprendentemente rejuvenece a Donovan, luego viene la curación y la mejora de sus heridas y de las capacidades cognitivas del mono.
Cuando Tommy regresa a casa, Izzi, su esposa, le señala una nebulosa brillante y la describe como Xibalba, el inframundo maya al cual viajan todas las almas cuando mueren.
En el funeral de Izzi, Tommy le dice a Guzetti: La muerte es una enfermedad como cualquier otra, hay una cura.
Tomás (Hugh Jackman), un soldado al servicio de Isabel, conspira para asesinar a Silecio, sólo para ser detenido por un subordinado, el capitán Ariel (Cliff Curtis), que trae un mensaje urgente de la Reina.
La ubicación del "Árbol de la Vida" se revela en un mapa oculto, y está representada por una daga maya robada por el Padre Ávila (Mark Margolis), cuya orden franciscana respalda a la Reina.
Cuando llegan a la cima del templo, Tomás es apuñalado en el abdomen por un sacerdote maya que lo estaba esperando.
En 1999, Darren Aronofsky y el actor Jared Leto vieron The Matrix juntos.
En abril de 2001, Aronofsky entra en negociaciones con Warner Bros y Village Roadshow para dirigir un título de ciencia ficción épica con el actor Brad Pitt en el papel principal.
Aronofsky como director dijo que la película exploraría nuevos territorios, similar a Star Wars, 2001: Una Odisea en el Espacio y The Matrix; como resultado ha redefinido el género.
También viajó con una tripulación a Centroamérica para consultar con expertos maya como Moisés Morales Márquez y explorar las ruinas de Palenque.
En junio de 2002, Warner Bros se reunió con Aronofsky y su productor Eric Watson, expresando su preocupación por una escalada de presupuesto y amenazó con cesar el proyecto a menos que se encontrara una cofinanciación.
Aronofsky fue capaz de resucitar el proyecto en 2005 con la mitad del presupuesto.