El juego sigue a Lucas, un joven con habilidades psíquicas, y a un grupo de personajes que intentan evitar que un misterioso ejército invasor corrompa y destruya el mundo.
Tiene un sistema de ataque por "combos" según sea la música de la batalla, la música de la batalla lleva un ritmo, este ritmo se convierte a un combo cuando se oprime el botón de ataque según su ritmo, este combo o ritmo hace que entre más largo sea el ataque por combo (no mayor a 16) mayor daño se causará al enemigo, si el combo se interrumpe o pierde su ritmo, este mostrará el total del daño causado y cuántos golpes ocurrieron, cada personaje tiene su propio instrumento con un sonido diferente por cada golpe (en el caso de Lucas, es sonido keytar), no hay dos personajes que tengan un mismo sonido al atacar, este sonido altera la música, pero el ritmo es el mismo, lo cual hace más difícil que se ejecute un combo completo.
Al igual que en el primer Mother, (conocido en América como Earthbound Beginnings), en este se puede correr para ir más rápido sin usar un auto o una bicicleta.
Lucas tiene cabello rubio, ojos azules y viste una camiseta amarillas con franjas rojas, pantalones cortos de mezclilla azules, calcetines blancos y zapatos tenis rojos que tienen un parecido con los de marca Converse.
Lucas cura más HP (Health Points o Puntos de vida) que otros personajes del grupo.
Es rescatada por Duster y Wess en el Castillo Osohe de una trampa durante la invasión de los Puercareta, y se une a ellos en la búsqueda del Huevo del Colibrí (un artefacto que tiene un papel importante más tarde en el juego).
Ella tiene el cabello de un tono rojizo al igual que las Magipsi, posee poderes PSI, y no actúa como una chica, porque fue adoptada por las Magipsi cuando era una niña, y no se revela que le sucedió a sus padres sino hasta el Capítulo 8.
Kumatora aprende el ataque PK Starstorm al final de capítulo 7.
Wess (su padre) se culpa a sí mismo por paralizar la pierna izquierda de Duster en un accidente.
Aunque al final del juego se puede encontrar la única arma que Boney puede utilizar :"La vara Canina".
Esto podría significar que Flint fue originalmente planeado para aparecer con el grupo.
Él desaparece después del Capítulo 1, en busca de venganza porque un Drago asesinó a su madre.
Claus está jugando con los dinosaurios, corre y los tumba, éstos se vuelven a levantar, les gusta que los golpeen.
En casa, Hinawa sale y le escribe una carta a Flint, su esposo, que regresarán esa noche y la carta es enviada por una paloma, después, Hinawa regresa a la casa, pero el Ejército de los Puercareta llega con su tema principal en su nave, ésta se dirige a la ciudad al sur de la isla Ningunlugar.
Más adelante, un amigo de Flint ha sido atacado, los tres insectos liberados por los Puercareta atacan a Flint, después una casa está en llamas, al entrar, todo el interior de la casa estará en llamas, alguien está atrapado ahí, pero al subir las escaleras, un ratón fantasma ataca a Flint.
Arriba, debes rescatar al niño que está atrapado dentro, es el hijo de tu otro compañero.
Tras rescatarlo, la casa caerá en pedazos, debes regresar a la ciudad, pero tu amigo se encontrará muy grave, pero vivo.
Cuando Duster llega, clava unas rejillas para hacerlas escaleras y subir por arriba del monte.
Nunca se halló el cadáver de Hinawa, pero al día siguiente Flint vuelve al monte en custodia y pelea con un Drago, lo que no sabía es que Claus estaba atrás del cerro medio-muerto porque el mismo Drago lo deja inconsciente...
El desarrollo del juego inició a partir de 1994, originalmente para la Super Famicom con Shigeru Miyamoto y Satoru Iwata como productores.
[4] Tres años después, en 2003, en un anuncio japonés del juego recopilatorio Mother 1+2, Nintendo anunció que había reiniciado el desarrollo de Mother 3, esta vez para la consola portátil Game Boy Advance.
Según el editor de Game Informer, Imran Khan, Nintendo planeó una localización del juego en inglés, pero supuestamente la canceló por temor a posibles controversias.
El equipo de traducción estuvo dirigido por Clyde Mandelin, un traductor profesional de juegos cuyo trabajo anterior incluye juegos como Kingdom Hearts II y animes como Dragon Ball.