[13]​ Si Mario ha recibido daño, puede reponer su salud al tocar un corazón giratorio o al recoger tres tipos de monedas: la amarilla repone un segmento; la roja es equivalente a dos monedas amarillas; y la azul, igual a cinco amarillas—.

[13]​ Además, puede conseguir más mediante los champiñones de vida extra, que se esconden en diversos lugares, como árboles, y pueden perseguir a Mario por el aire o caer al suelo y desaparecer si no se recogen en breve.

[15]​[18]​ Después de pisotear a un Koopa Troopa, queda un caparazón que se puede usar para surfear sobre el agua, la lava y las arenas movedizas.

[23]​ Algunas estrellas sólo aparecen tras completar ciertas tareas, a menudo insinuado por el nombre de la fase.

Estos retos incluyen recoger cien monedas amarillas u ocho rojas en un escenario, derrotar a un jefe, competir contra un oponente y resolver puzles.

Hay muchas zonas ocultas y otros secretos dentro del castillo, que pueden contener Power Stars extra necesarias para completar el título.

La Princesa Peach logra ser liberada del sitio en donde estaba cautiva, en la vidriera que hay sobre la entrada del castillo, Peach le agradece a Mario por haber recuperado el poder de las Estrellas y lo recompensa dándole un beso en la nariz y horneando el pastel que le había prometido.

[31]​ Al finalizar los créditos, se mostrará el pastel que Peach preparó, y Mario le dirá al jugador "Thank you so much for you to playing my game" (Muchas gracias por haber jugado mi juego).

[33]​ Miyamoto reformuló la idea para la Nintendo 64, no por su mayor potencia, sino porque su mando tenía más botones.

[37]​ Según Miyamoto, el equipo de desarrollo estaba formado por unas quince o veinte personas.

[2]​ En una entrevista con The Washington Post, Yoshiaki Koizumi recordó que su reto era animar los modelos 3D sin ningún precedente.

[43]​ Algunos detalles se inspiraron en la vida personal de los programadores; por ejemplo, los Boos están basados en la mujer del ayudante de dirección Takashi Tezuka, que, como explicó Miyamoto, «normalmente es muy tranquila, pero un día explotó, enfurecida por todo el tiempo que Tezuka pasaba en el trabajo».

[45]​ Super Mario 64 se mostró por primera vez como prototipo jugable en noviembre de 1995 en Nintendo Space World.

Miyamoto esperaba crear más, posiblemente hasta cuarenta,[32]​ pero finalmente se redujo a quince.

[52]​ El presidente de Nintendo, Hiroshi Yamauchi, declaró más tarde: «Los creadores pueden terminarlos rápidamente si se comprometen.

[53]​ Más tarde, se mostró en el E3 de 1996 con varias consolas preparadas para que la gente jugara.

[54]​ Según Giles Goddard, el estrés del proyecto hizo que algunos programadores renunciaran o se trasladaran a otros departamentos.

Al igual que el original, la trama se centra en recoger Power Stars y rescatar a la Princesa Peach de Bowser.

A diferencia del original, Yoshi es el personaje inicial, mientras que Mario, Luigi y Wario son desbloqueables.

elogió el sistema por ser tan imaginativa y variada que sus críticos seguían «enganchados» después de un mes.

GameSpot lo alabó por ser «limpios pero sencillos» y no restar protagonismo a los detalles del mundo.

[96]​ Paul Davies describió las imágenes como «tan sorprendentes que uno se detiene a admirarlos».

[108]​ Nebojsa Radakovic y Doug Perry añadieron que a veces quedaba bloqueada por objetos o los atravesaba.

[115]​ Game Informer afirmó en su revisión de 2007 que, según los estándares actuales, la cámara «casi se consideraría rota».

Aunque algunos cuestionaron su calidad, otros sostuvieron que estableció un género completamente nuevo para la serie.

[144]​ En julio de 2021, una copia prístina y sellada se subastó por 1 560 000 dólares, la mayor cantidad jamás pagada por una entrega.

Además, se puede viajar al Reino Champiñón, que incluye el Castillo de la Princesa Peach y su patio.

La reedición de Super Mario 3D All-Stars también parcheó esto, ya que se basaba en dicha versión.

[169]​ En 2013, el youTuber Vinesauce publicó una recopilación de varias corrupciones, replicadas con un programa llamado naughty.

Al año siguiente, lanzaron un port para Windows compatible con pantallas panorámicas y resolución 4K.