Esta secuela incorpora varias novedades, como la posibilidad de fusionarse con los miembros del equipo, permitiendo portar dos armas a la vez, así como nuevos enemigos, los Incorpóreos.

[1]​ El juego comienza con Roxas, un chico de quince años que aparentemente vive una vida normal en Villa Crepúsculo con sus amigos.

Tras un encuentro con Axel, un miembro de la Organización XIII, Roxas descubre que solo es el cascarón que se formó cuando Sora se convirtió en Sincorazón (al intentar liberar el corazón de Kairi).

Finalmente llegan hasta el último miembro de la organización, Xemnas, mientras, Donald, Goofy, Kairi y el rey escapan al mundo de la luz dejando a Sora y a Riku peleando contra Xemnas.

Sus novedades más destacables son: El juego fue lanzado sólo en Japón el 29 de marzo de 2007 junto con Kingdom Hearts Re:Chain of Memories en un pack llamado Kingdom Hearts II Final Mix+.

Como características especiales; disco DVD de capacidad 4,7GB para PlayStation 2 en formato NTSC-J, con las voces en inglés y textos en japonés.