Terminada la guerra se opuso al rey Otón I aunque fue su primer ministro entre 1848 y 1849.Formó parte del gobierno provisional que depuso a Otón en 1861, fue uno de los tres regentes hasta 1863.Durante el reinado de Jorge I, volvió a ser primer ministro en 1864 y en 1865.Kanaris era un capitán mercante cuando estalló la sublevación de los griegos contra el dominio otomano.Desde un comienzo contribuyó con la Guerra de la independencia aportando su nave a la flota griega.A su entronización como Jorge I en Copenhague, Kanaris asistió presidiendo la delegación griega como almirante y primer ministro.
