Henlein nació en Maffersdorf (hoy Vratislavice, un barrio de Liberec, República Checa), integrado entonces en el Imperio austrohúngaro.

Sirvió con el Ejército austrohúngaro durante la Primera Guerra Mundial, siendo por un tiempo prisionero de los italianos.

Hacia 1930, Henlein mostraba un proyecto político más inclinado a la integración checoslovaca, defendiendo la autonomía de los alemanes de los Sudetes, pero opuesto a los nazis.

No obstante, desde 1937 se unió a la corriente separatista dentro de la comunidad alemana, estimulada por el líder nazi Karl Hermann Frank.

Henlein, siguiendo órdenes de Hitler, ayudó a intensificar la tensión étnica en los Sudetes al incrementar sustancialmente sus demandas y requerimientos al Gobierno de Praga, hasta un extremo que —como el propio Henlein reconoció años después—[cita requerida] se formulaban demandas «sabiendo que no podrían ser concedidas».