(1862-1886)[15] El único nieto varón, Kondō Hisatarō murió en combate en la Guerra Ruso-Japonesa.[16] Aunque jamás fue empleado por el shogunato previo a sus días en la fuerza del Shinsengumi, Kondō fue candidato para un trabajo como maestro en Kobusho en 1862.[19] Kondō ingresó a la unidad (que se llamó Rōshigumi) junto a su amigo Hijikata Toshizō y a otros miembros de Shieikan e invitados como Yamanami Keisuke, Okita Sōji, Harada Sanosuke, Nagakura Shinpachi, Tōdō Heisuke, e Inoue Genzaburō.Tras la revelación de los verdaderos propósitos anti-shogunato del comandante de facto Kiyokawa Hachirō, Kondō, Hijikata, y Serizawa Kamo (originalmente, segundo al mando) junto a otros se mantuvieron en Kioto y formaron el Mibu Rōshigumi.[27] Luchó con la fuerza enviada por la Corte Imperial pero perdió notablemente en las batallas de Kōshū-Katsunuma y Nagareyama.[30] El nombre funerario de Kondō es Kanten'inden'junchūseigi-daikōji (貫天院殿純忠誠義大居士) y se cree que pudo haber sido otorgado por Matsudaira Katamori.[30] Kondō fue recreado en la serie para TV de NHK Shinsengumi por el actor (y cantante del grupo SMAP) Shingo Katori.También figura como personaje del anime/manga Peacemaker Kurogane, el manga Kaze Hikaru y un OVA de Rurouni Kenshin.y es representado como un personaje de DLC en el videojuego Way of the Samurai 4.
La cabeza de Kondō Isami's es expuesta al público tras su decapitación. Periódico de 1868.