[1] El santuario fue construido en el año 947, para apaciguar el espíritu airado de Sugawara no Michizane.[2] Había sido enviado erróneamente al exilio.[3] El templo se convirtió en objeto de patrocinio imperial durante los primeros años del periodo Heian.[4] Los edificios actuales datan de principios del siglo XVII.[5] De 1871 a 1946, el Kitano Tenman-gū fue oficialmente designado como uno de los Kanpei-chūsha (官幣中社), lo que significa que se ubicó en la segunda fila de los santuarios apoyados por el gobierno.