Primero por el parlamento en 1991, y luego por voto popular.

[3]​ Durante sus dos mandatos, su política estuvo destinada a evitar cualquier enfrentamiento con los países beligerantes de las guerras yugoslavas,[4]​ lo cual le llevó a disputas constantes con la República Federal de Yugoslavia, Albania, Bulgaria y Grecia.

Mientras iba desde su residencia hacia su oficina en la sede del gobierno, el vehículo explotó matando al conductor e hiriendo al propio Gligorov, quien fue trasladado de inmediato a un hospital.

[3]​ Desde entonces, aún no han sido identificados los responsables de este incidente y se ha especulado sobre la identidad de los culpables.

[4]​ Gligorov resultó incapacitado hasta el 17 de noviembre del mismo año.