Durante la Edad Media fue sede episcopal de las Feroe y actualmente es el sitio histórico más importante del archipiélago.Según una leyenda, en el pueblo vivió una mujer llamada Gæsa, quien por comer carne durante la cuaresma fue castigada con la confiscación de todos sus bienes, exiliándose en Gásadalur.Kirkjubøur fue arrasada por una tormenta en el siglo XV o XVI, perdiendo la mayoría de sus casas.Este fenómeno perjudicó seriamente al poblado, junto con la supresión de la diócesis y el seminario a mediados del siglo XVI.Después de la reforma protestante todavía hubo un obispo luterano, el danés Jens Riber, pero renunció y abandonó las islas en 1556.
Una imagen de Kirkjubøur en 1839, con la catedral en primer plano.
