Dicha asociación fue prohibida por las autoridades francesas en 1956 y entonces Samphan fundaría la llamada Unión de Estudiantes Jemer.

El primer conflicto con las autoridades anticomunistas se daría al año siguiente cuando L'Observateur fue prohibido y Samphan fue arrestado, forzado a desnudarse y fotografiado en público, de acuerdo a las prácticas culturales camboyanas de poner en evidencia al oponente.

En aquel periodo, Samphan permaneció todo el tiempo dentro del territorio camboyano para dar a entender que no se trataba de un "gobierno en exilio".

Durante los años de la Kampuchea Democrática (1975-1979), Samphan permaneció siempre entre la plana líder del movimiento entre la cual sería presidente desde 1976.

[cita requerida] Después de la invasión vietnamita y el derrocamiento del régimen en 1979, Samphan lideró un gobierno rebelde que mantuvo reconocimiento internacional hasta 1982.