A pesar de que Jan Yunis se encuentra a solo 4 kilómetros del mar Mediterráneo, tiene un clima semiárido, con una precipitación anual de aproximadamente 260 mm.

Habla de cómo el ejército persa atravesó el lugar en su camino a Egipto.

También describe cómo la zona costera entre Kadytis e Ienysos estaba habitada por tribus árabes locales.

Algunas fuentes, debido a la semejanza fonológica de los nombres y a la coincidencia general de las ubicaciones geográficas, asocian este sitio con la moderna Jan Yunis.

[3]​[5]​ Antes del siglo XIV, Jan Yunis era un pueblo conocido como "Salqah".

[7]​ Para proteger a las caravanas, los peregrinos y los viajeros, el emir Yunus al-Nuruzi construyó allí un caravasar en 1387-1388.

[8]​Más tarde se convirtió en un importante centro de comercio: el mercado semanal en la ciudad se estableció el jueves, y atraía a los comerciantes de regiones vecinas.

Luego, el sultán otomano Selim I llegó a la zona donde dirigió al ejército otomano a través de la península del Sinaí para conquistar Egipto.

[11]​ Pierre Jacotin nombró a la aldea Kan Jounes en su mapa de 1799,[12]​ mientras que en 1838, Robinson señaló a Khan Yunas como una aldea musulmana ubicada en el distrito de Gaza.

[14]​ A finales del siglo XIX, los otomanos establecieron un consejo municipal para administrar los asuntos de Jan Yunis, que se había convertido en la segunda ciudad más grande del distrito de Gaza después de la propia Gaza.

[15]​ En el censo de Palestina de 1922 realizado por las autoridades del Mandato Británico, Jan Yunis tenía una población de 3890 habitantes (3866 musulmanes, 23 cristianos y un judío),[16]​ disminuyendo en el censo de 1931 a 3811 (3767 musulmanes, 41 cristianos, y tres judíos), en 717 casas del área urbana[17]​ y 3440 (3434 musulmanes y 6 cristianos) en 566 casas del extrarradio.

[24]​ Durante la guerra árabe-israelí de 1948, Jan Yunis fue ocupada por tropas egipcias.

La operación condujo a un alto el fuego el 4 de septiembre, lo que obligó al presidente Gamal Abdel Nasser y al gobierno egipcio a detener las operaciones de los fedayines palestinos contra Israel.

Con cada ataque palestino, las Fuerzas de Defensa Israelíes respondieron arrasando edificios utilizados por las organizaciones terroristas sospechosas.

Frecuentes ataques aéreos continuaron en la ciudad, matando a docenas de palestinos, en su mayoría civiles.

La UNRWA ayuda a reconstruir casas, brinda educación y asistencia médica.

El cementerio está situado en el centro de la ciudad, en una zona densamente poblada con muchas avenidas y pequeñas plazas.

Sirve como el principal centro de mercado de la mitad sur del territorio y alberga un zoco beduino semanal que involucra principalmente productos locales.