Weishaupt, uno de los cuatro hijos del filósofo Adam Weishaupt y de su segunda esposa Ana María (nacida Sausenhofer),[1] nació en Regensburg.
Estudió en la Universidad de Altdorf y fue enseñado por Franz Xaver von Zach en Gotha.
En 1804 fue hecho teniente del estado mayor general por su cooperación en trabajos geodésicos.
Tomó parte primero en la infantería, después como artillero en las campañas del Ejército bávaro durante los años 1805 y 1815, a partir de 1812 con el rango de Hauptmann, y estuvo como prisioneros de guerra hasta 1813.
Durante su breve periodo como ministro de guerra, fue ascendido a mayor general y brigadier en 1848, y un día antes de su muerte en Múnich, fue hecho teniente general.