Se le conoce por un cráneo casi completo recogido en la Formación Echkar del Cretácico tardío (Cenomaniense) de Níger.El hocico de Kaprosuchus muestra proporciones más generales y las fosas nasales se posicionan dorsalmente.Las órbitas giradas hacia adelante sugieren que tenía cierto grado de visión estereoscópica, es decir, una superposición en el campo visual del animal.Aunque difiere por mucho de otros crocodiliformes conocidos, Kaprosuchus comparte varias características con Mahajangasuchus.Los huesos nasales fusionados pudieron haberle provisto un refuerzo para las mandíbulas contra las fuerzas de compresión asociadas con una mordida poderosa.El escudo de queratina que se cree cubría la punta del hocico le pudo proporcionar protección adicional.