Su cabecera municipal es la localidad homónima de Kantunil.

Kantunil en lengua maya significa Lugar de piedras amarillas o pedregal de este color, por derivarse del vocablo Kan, amarillo y Tun, Tunil, que significa piedra o pedrerío.

Pocos datos historiográficos existen sobre Kantunil, aunque se sabe que el asentamiento fue anterior a la conquista de Yucatán.

Las actividades económicas preponderantes del municipio son la agricultura y la ganadería.

Por cuanto a las actividades pecuarias, se da en el municipio la cría de bovinos y de porcinos, así como la avicultura.