Comenzó su gobierno consolidando tribus en Siberia alrededor de su capital en Chimgi-Tura (hoy Tyumen).

Muhammad Shaybani, nieto de Abu'l-Khayr, sucedió a su padre, el Sheikh Haidar.

Shaybani había sido, junto con su hermano, Mahmud Sultan, dado refugio por el Kan de Astracán, Qasim.

Después de este punto, Shaybani lideró sus propias conquistas que consistieron en gran parte en ciudades en los Estados sucesores timúridos fracturados (como Samarcanda y Bujará).

Los principales rivales de Shaybani fueron el timúrido Babur y el persa Sah Ismaíl I.

En 1500, Shaybani concedió oficialmente todas las tierras de Kazajistán en Dasht-i Qipchaq al Kanato kazajo.

Muhammad Shaybani fue asesinado en la batalla de Merv por los safávidas del sah Ismaíl I en 1510 y su cráneo se convirtió en una copa para beber con joyas.