Está formada por jueces federales que forman la primera instancia y los Tribunales Regionales Federales (TRF) de segunda instancia.

Es competente para juzgar acciones en las que la Unión, sus autoridades administrativas, fundaciones y empresas públicas figuran como autoras u objeto, ya sea como intervinientes de cualquier naturaleza con excepción de aquellas reservadas para la justicia federal especializada (electoral, laboral o militar).

También tienen competencia para procesar acciones de ámbito internacional sobre derechos indígenas, relacionadas con nacionalidad, casos de grave violación a los derechos humanos, entre otros.

[3]​ La Justicia Federal cuenta con seis Tribunales Regionales Federales, 790 jurisdicciones instaladas y 194 juzgados especiales autónomos distribuidos en cada una de las 27 unidades de la federación.

[6]​ Las decisiones emitidas por estos magistrados son impugnables ante el Superior Tribunal de Justiça (STJ) y el Supremo Tribunal Federal (STF), dependiendo de la naturaleza del caso.