Junia, a mediados de la década de los años 50 a. C., se casó con Marco Emilio Lépido, futuro miembro del Segundo Triunvirato, junto con Marco Antonio y Octaviano y pontifex maximus.
A diferencia de sus compañeros triunviros, Lépido permaneció casado con la misma mujer durante toda su vida y parece haber sido devoto de Junia.
[1] En sus discursos, Cicerón elogió a Junia como la esposa ideal.
[1] Sin embargo, en una carta privada dirigida a Ático, Cicerón afirma que Junia le fue infiel, alegando que su busto se encontraba entre las pertenencias del libertino Publio Vedio (posiblemente Publio Vedio Polión),[2] y expresa su sorpresa de que su esposo y hermano no se dieron cuenta de su conducta licenciosa.
[7] Junia fue indultada, quizás por respeto al extriunviro Marco Emilio Lépido.