Ingresó a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en la cual se graduó como antropólogo.

Fue parte del Instituto de Estudios Peruanos desde 1966 y su director en 1985.

[2]​ También fue catedrático en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos.

[3]​ La obra más conocida de Cotler es Clases, Estado y Nación en el Perú, escrito en 1992.

[4]​ Este libro ha sido descrito como "un libro ambicioso e inteligentemente escrito que trata de explicar por qué Perú no ha conseguido convertirse en un verdadero Estado-nación con pleno control sobre su economía y su gobierno" y argumenta que los problemas de Perú se deben a la herencia colonial del país bajo España.