Se casaron en Brooklyn, Nueva York, y su familia se estableció primero en la Bahía de San Francisco y posteriormente, cuando Julia tenía dos años en Oakland.

Cuando sus padres intentaron casarla, Julia argumentó que antes debía terminar su carrera.

[6]​ Realizó los estudios primarios en la Oakland High School, se graduó en 1890 y se matriculó en la Universidad de Berkeley para estudiar ingeniería civil, en parte según la historiadora Sara Holmes porque no existían escuelas de arquitectura en la Costa Oeste,[7]​ donde fue la única mujer de la clase.

Con otras compañeras organizó una sección de la Young Women’s Christian Association (YWCA), crearon equipos deportivos y lucharon con éxito para el acceso al gimnasio.

Morgan fue suspendida en dos ocasiones pero tras dos años de estudios y tutorizada por el arquitecto François-Benjamin Chaussemiche que conoció en 1898 y que fue su mentor, aprobó finalmente el examen.

Morgan recibió formación de arquitectura y descubrió su conciencia feminista por los constantes desafíos a los que estuvo obligada a superar para introducirse en una profesión dominada por hombres.

[7]​ En el mismo año en que se diplomó, 1902, regresó a California donde no le faltó trabajo precedida por la fama que adquirió a través de la prensa de París, Londres y Estados Unidos, especialmente en la Bahía de San Francisco, que siguió su trayectoria.

En 1907 se trasladó al edificio Merchants Exchange Building en el 465 de la calle California y se asoció con la también arquitecta Ira Wilson Hoover pero en 1910 Hoover se fue de California para regresar al este[11]​ y Julia Morgan empezó a firmar sus proyectos en solitario.

[12]​ En 1917 junto a Fay Kellogg y Katharine Cotheal Budd diseñan las Hostess Houses, un conjunto de 96 casas repartidas en las bases militares de Estados Unidos.

En 1915 diseñó utilizando el Estilo Misión el edificio del periódico Los Angeles Herald-Examiner buque insignia de Hearst y quedó tan encantado del resultado que la contrató en 1919 para diseñar lo que ha sido una de sus obras más emblemáticas y costosas, el edificio principal y las zonas de invitados del Castillo Hearst.

Además trabajó estrechamente con Hearst para integrar su amplia colección de arte en las estructuras y terrenos en San Simeon.

Su primer proyecto para las organizaciones fue en el Mills College en 1903 donde fue arquitecta extraoficial durante 20 años.

[3]​ Uno de sus últimos encargos fue el Berkeley Women’s City Club.

[3]​ Quienes han estudiado su obra y su biografía como Karen McNeill destacan su activismo que le llevó en varias ocasiones a perder dinero en numerosos encargos que recibía de estas organizaciones y que a pesar de ello asumía.

Su trabajo inicial está influenciado por el Arts & Crafts, un movimiento artístico desarrollado en Inglaterra entre 1880 y 1910 considerado precursor del Modernismo.

Los estilos Neorrenacimiento, Tudor, Colonial Español, Mediterráneo e Islámico formaban parte de su vocabulario arquitectónico habitual integrados o superpuestos a elementos Craftsman.