Posteriormente se instaló en Santiago de Chile, donde dirigió el seminario diocesano y actuó brevemente en política.

Apoyó la Revolución de Mayo y ayudó a la campaña al Paraguay del general Manuel Belgrano y la campaña naval del capitán Juan Bautista Azopardo.

En su informe a sus superiores, San Martín declaraba estar impresionado por la actividad del cura.

Asistió a los heridos en las batallas de Chacabuco y en Maipú.

En 1819 fue nombrado rector del seminario diocesano de esa ciudad.