Hijo de un militante del partido Acción Nacionalista Vasca, acompañó a su padre al exilio en Chile durante la guerra civil española y regresó a Bilbao en 1942.

Finalizada la enseñanza secundaria, estudió derecho en la Universidad de Deusto y luego en Reino Unido,[3]​ doctorándose en Cambridge, tras lo cual volvió al País Vasco y se embarcó en la actividad política nacionalista.

Madariaga estuvo encausado en el proceso de Burgos y declarado en rebeldía.

En 1989 la justicia gala le condenó a cuatro años de prisión por colaborar con ETA, con prohibición de residir en el País Vasco francés durante diez años.

En relación con el proceso de paz impulsado en 2005-2006 por el Gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero, afirmó que ETA debería pedir perdón a las víctimas: «He dicho que todo el mundo debe pedir perdón y de eso no se escapa ETA.