Logró el ascenso de categoría entrenando al R. C. D. Espanyol en Segunda División en la temporada 1989-90 en una emocionante tanda de penaltis en la Rosaleda, Málaga, contra el C. D. Málaga que dirigía Juan Gómez Juanito.
Nacido en Ciudad Real, Castilla-La Mancha, Juanjo inició su carrera como entrenador con C. F. Montañesa antes de unirse con R. C. D. Espanyol en las categorías juveniles en 1980.
En enero de 1990, Juanjo fue nombrado entrenador del primer equipo en la Segunda División, reemplazando a Benito Joanet.
Después de otra estancia con CFJ Mollerussa y Palamós C. F., regresó a los Periquitos, seriamente amenazados por el descenso.
Después de fracasar en los play-offs para mantener al equipo en la división, Juanjo fue despedido.