El 23 de noviembre de 1833 nació Mónica Rafaela, quien se casaría con Saturnino Díaz de Bedoya; más tarde se casaría nuevamente con Milcíades Augusto de Acevedo Pedra, en 1834 nació Benigno y estuvo en concubinato con Justa Petrona Decoud, pero tenía otra familia con María del Carmen Agüero en la ciudad de Concepción y El 20 de agosto de 1836 nació Juana Inocencia, quien se casó con el general Vicente Barrios, más tarde enviudaría y tendría una hija con el vizconde imperial brasileño José Antônio Correia da Câmara que se llamó Flora Ramona Adelina.A partir de ese momento, asumió su hijo Francisco Solano López y en el cargo de primera dama la sucedió su nuera, Elisa Alicia Lynch.Juana siempre se opuso a Lynch.[2] En 1865 se desencadenó la Guerra de la Triple Alianza y en 1868, Juana Carrillo fue encarcelada junto a sus hijas Juana y Mónica por haber sido acusadas de conspiración contra el gobierno paraguayo, mientras que su hijo Benigno y sus yernos fueron fusilados por traición a la patria.En 1870, Juana Carrillo perdió a su primogénito Francisco Solano en el campo de batalla y a su nieto, Juan Francisco López,[3] y ella fallecería el 12 de julio de 1871 a la edad de sesenta y cinco años en la Casa Alta del Jardín Botánico, ubicado en el distrito de Santísima Trinidad, sus restos aún descansan en la iglesia del mismo nombre como también las de sus hijas Inocencia y Rafaela.
