Fue hijo del matrimonio formado por Manrique de Silva y Beatriz (o Bitres) da Silveira.
La muerte del marqués de Montemayor en 1539 dejó escasa herencia a su hijo, además que debía repartirla con sus cuatro hermanos.
Fallecido su padre al año siguiente, aún tuvo que sortear los reveses de la fortuna para alcanzar todo aquello que le había sido negado.
Hasta su regreso en 1551, Silva estuvo marginado de los favores que otros más afortunados sí recibieron.
Apenas unos años más tarde recibiría el encargo regio de acudir a Lisboa para comunicar al rey Sebastián I las objeciones que su tío Felipe II ponía a sus recientes aventuras africanas, como la reciente incursión portuguesa en Tánger, y para negociar su casamiento.
Silva, apenas concertado su matrimonio, dispuso sus armas para marchar al norte de África, formando parte del contingente castellano que acordó enviar Felipe II a su sobrino durante su segunda aventura africana.
Como tantos otros, Juan fue herido y hecho prisionero en Larache.
Regresó a Castilla no sin antes haber procedido al pago de su rescate y acompañar el cadáver del rey hasta Ceuta.
Cervantes lo incluye en su "Canto de Calíope" de La Galatea y se trata del tercer ingenio, del cual dice:Del famoso JUAN DE SILVA os digo Que toda gloria y todo honor meresce, Así por serle Febo tan amigo, Como por el valor que en él floresce.
Serán desto sus obras buen testigo, En las cuales su ingenio resplandece Con claridad que al ignorante alumbra