[6] A Minjares se le deben, entre otras contribuciones a la obra escurialense, las medidas para la torre septentrional (1581) y para los espacios interior y exterior de la biblioteca (1582), además de las tasaciones y medidas de la cúpula y retablo mayor de la iglesia.[8] La solución finalmente adoptada, una bóveda esquifada con casetones y linterna nunca antes empleada en Sevilla, parece corresponder con su propuesta.Bajo la dirección de Minjares se trabajaba en 1591 en la portada occidental, concluida cuatro años después.A su muerte en 1599 se estaba trabajando en la portada oriental, la galería superior del patio y la capilla, obras que proseguirán durante la siguiente centuria.[10] Del modo como Minjares entendía las funciones del maestro de obras puede dar idea lo que se escribió de él en un informe fechado el 23 de agosto de 1597 en relación con su trabajo como maestro mayor de las obras reales en Granada, en el que se informaba de que visitaba poco las obras pues, según decía, «él está para ver lo que trabajan los demás ya que otros han visto lo que él ha trabajado cuando era aparejador del Escorial».
Patio interior de la Lonja o Casa de Contratación de Sevilla, actual Archivo General de Indias. Proyecto de Juan de Herrera ejecutado de 1584 a 1598 por Juan de Minjares.