Ella y sus hijos se mantuvieron en la Alhambra hasta la capitulación del Zagal en diciembre de 1489.
No obstante, su cuñado marchó a Orán (reino de Tremecén), mientras que ella permaneció en Granada.
Su posición quedó prácticamente irrelevante con la toma de Granada por los Reyes Católicos en 1492.
[4] Aunque la Santa Junta requirió desde Ávila su intervención en su favor, permaneció fiel a Carlos I de España.
En este contexto se destacó particularmente su malogrado proyecto de formar una escuadra para protegier el litoral.