Su padre fue gobernador en Brasil y falleció cuando Juan tenía dos años.

Comenzó sus estudios en el Colegio San Antonio de Lisboa de los jesuitas, donde fue compañero del príncipe heredero.

A los once años enfermó gravemente, su madre lo encomendó a San Francisco Javier, su increíble curación fue tomada como milagro, en gratitud vistió un año completo el hábito de los jesuitas.

En 1673 recibió las órdenes sagradas y fue destinado a las misiones de India en Malabar.

En 1684 fue a Madurai donde fue capturado y torturado, se le perdonó la vida con la condición que no vuelva a predicar por esas regiones.