[3][4] Juan fue secretario de su abuelo, el rey Católico, en la última parte del reinado de este, entre 1510 y 1516.
[cita requerida] En 1520, el rey Carlos I lo presentó al papa León X para que fuese promovido al arzobispado de Zaragoza, vacante tras la muerte de su padre Alonso, a pesar de que, tal como ocurriera en el caso paterno, Juan de Aragón solo había tomado la orden de diácono.
[3] El 23 de marzo de 1523 llegó de visita a Zaragoza el papa Adriano VI, que permaneció varios días alojado en el Palacio de la Aljafería, y el arzobispo Juan de Aragón lo agasajó y organizó fastuosas fiestas durante la estancia del papa en la capital aragonesa.
[4] Juan de Aragón convocó un sínodo diocesano en Zaragoza que, posteriormente, publicó impreso, así como un Breviarium Caesaragustanum (1528).
[2] Su cadáver fue trasladado a Zaragoza para ser sepultado en el presbiterio de la catedral del Salvador de Zaragoza (La Seo, o Catedral del Salvador).