Dado que la corte se trasladaba con frecuencia, Anchieta viajó constantemente durante estos años.

En 1505 viajó a Flandes, lugar de donde procedía Felipe el Hermoso.

Ya enfermo, se retiró sus últimos años a Azpeitia, de donde sería párroco.

Mediante una dispensa papal se le permitió transferir sus ingresos obtenidos del beneficio de Villarino a un nuevo convento de hermanas franciscanas que él mismo había fundado en Azpeitia, donde residiría el resto de su vida y donde asimismo quería ser enterrado.

Como sucede con todos los compositores más representativos de su época, a excepción de Juan del Encina, compuso música profana con texto en castellano para los festejos y fiestas cortesanas y música religiosa en latín destinada al culto religioso.

Solo han sobrevivido 16 piezas en los manuscritos en los que figura el nombre de Anchieta a la cabeza: 4 obras de tema profano con texto en castellano, 2 misas, 2 Magníficat, un Salve Regina y 7 motetes.

Además, basándose en consideraciones estilísticas, le han sido atribuidas varias obras anónimas: 4 pasiones, un Kyrie y 10 motetes.

Tenemos por tanto alrededor de 30 obras que se han conservado, incluyendo las atribuidas.